Es función exclusiva de la Asamblea Plebiscitaria (Art.15 del Estatuto Orgánico) elegir a la persona que ejercerá la Rectoría de la Universidad de Costa Rica.   Este es el puesto académico de más alta jerarquía ejecutiva y quienes aspiren a él, deben ser personas mayores de treinta años, tener la ciudadanía costarricense y poseer al menos la categoría de Profesor Asociado en Régimen Académico.

El nombramiento de este puesto es por períodos de cuatro años y es posible la reelección consecutiva una vez.